Wie gehabt wird aus der Dritte-Person-Perspektive gespielt. Zur Auswahl stehen die bekannten Klassen, die vom Techniker bis zum Soldaten reichen. Erneut ist es möglich, die soziale Komponente von Shepard zu verändern. So kann er eher kumpelhaft rüberkommen oder zum Megaarschloch werden. Ebenso können Beziehungen eingegangen werden, von hetro-, über homo-, bis aliensexuell. Die größte Änderung hier ist die Rufleiste, die sich aus vorbildlichen (blau) und abtrünnigen (rot) Punkten für Antworten oder Missionen ergibt.

Die Talentbäume wurden aktualisiert und erweitert und obwohl sie nicht wirklich in die Tiefe gehen, muss hier und da die eine oder andere Entscheidung getroffen werden: Will man die Feuerkraft der Basis erhöhen oder deren Befestigung verstärken? Jedes Talent verzweigt sich mit dem Levelaufstieg weiter und wirkt sich auf die Kampfstrategie aus. Obwohl… wirklich falsch machen kann man so gut wie nichts. Hat sich die eine Fähigkeit als kompletter Reinfall bewiesen, kann man im Labor wieder alles auf null setzen lassen. Das ist beim ersten Mal für jedes Mitglied des Teams kostenlos und kostet später auch nur Kleckerbeträge.

Waffen und Rüstung wurden umgestaltet. Nun stehen mehr Rüstungspakete zur Auswahl und auch die Bewaffnung kann verbessert werden, sobald diese gekauft oder gefunden wird. Waffen verfügen zusätzlich über Modifikations-Slots, wo beispielsweise der Schaden oder das Fassungsvermögen des Magazins verändert werden kann.