Sobald man seine neuen Fähigkeiten benutzt, kommt Strike Suit Zero mit einem Kurz-Tutorial ziemlich schnell zur Sache. Weltraummüll solll also beseitigt werden, doch schon bald sieht man sich einem kolonialen Feindraumschiff gegenüber, das es irgendwie geschafft hat, in das Territorium der Erde einzudringen.

Das aktuelle Raumschiff verfügt über eine Plasmakanone mit zwei verschiedenen Modi sowie ein Materiebeschleuniger mit begrenzter Munition und steuerbaren Raketen. Der erste Kampf ist einfach, stimmt einen auf die kommenden Aufgaben ein und einer der zwei leichten Kämpfe dieses Spiels. Danach wird man ins Kampfgebiet, in dem sich Hauptflotte und koloniale Streitkräfte bekriegen entsandt, findet jedoch einen Großteil der Schiffe vernichtet und einen zerstörten, glühenden Planeten der Aliens im Hintergrund vor.